Ngày 23/1/1961, Hội nghị lần thứ III Ban Chấp hành Trung ương Đảng (khóa III) căn cứ vào tình hình thực tế chiến trường miền Nam, đã quyết định thành lập Trung ương Cục miền Nam thay cho Xứ ủy Nam Bộ, trực tiếp lãnh đạo cách mạng miền Nam. Sau khi được thành lập, Trung ương Cục miền Nam đã thành lập các ban chuyên môn phục vụ lãnh đạo kháng chiến. Trong đó có Ban Giao bưu vận được Trung ương Cục ra quyết định thành lập vào ngày 2/6/1962.
